第一，标准不同。无公害食品茶叶的标准是由农业部制订的，主要参照国家食品的卫生标准制订，强调产品的安全性。绿色食品茶的标准由中国绿色食品发展中心制订，2002年进行了修订，产品的卫生要求参照发达国家食品卫生标准制订。有机茶标准是农业部发布的，标准主要参考联合国食品法典委员会有机食品标准、国际有机运动联合会有机产品的基本原则、以及欧盟有机食品标准、美国有机食品标准和日本农业标准制订的。

    第二，认证机构和认证方式不同。按国家规定，无公害食品茶基地由各省县级以上农业部门认定，产品由技术监督部门认证。绿色食品茶由中国绿色食品发展中心认证，各省均有绿色食品办公室受理申请、认证工作，以实地检查和检测并重的原则认证，重视环境评估，强调程式文件的完整性。有机茶的认证国内有三家机构，在有机茶认证方面中国农业科学院茶叶研究所有机茶研究与发展中心最具权威性。另外2家分别是中绿华厦有机食品认证中心和环境保护总局有机食品发展中心。认证实行检查员制度，以检查员实地检查为主，以检测手段为辅，重视农事操作、投入物的完整记录，建立质量跟踪控制体系，强调生产过程的控制。